Em meados de 1936, começou a Guerra Civil em Espanha. Madrid tornou-se um verdadeiro campo de batalha e iniciou-se uma forte perseguição religiosa.
A vida de Josemaria – por ser sacerdote – começou a correr grande perigo. Durante um tempo, chegou mesmo a fingir-se doente para se esconder num centro psiquiátrico.
Em novembro de 1937, ele e um grupo de jovens do Opus Dei abandonaram Madrid, fugindo através dos Pirenéus.
Foi uma viagem muito dura, marcada pelo medo e pelas dificuldades, mas também por uma carícia especial da Virgem Maria.
Já em Burgos, Josemaria pôde novamente exercer o seu trabalho sacerdotal. De lá, enviou cartas aos jovens membros do Opus Dei que se encontravam em diferentes zonas do país (alguns até mesmo nas frentes de batalha) e concluiu o escrito que pouco depois seria publicado como "Caminho"