A metà del 1936 iniziò la guerra civile in Spagna. Madrid divenne un vero e proprio campo di battaglia e iniziò una feroce persecuzione religiosa.
La vita di Josemaría, in quanto sacerdote, cominciò a essere in grave pericolo. Per un certo periodo si finse addirittura malato per nascondersi in un centro psichiatrico.
Nel novembre 1937, insieme a un gruppo di giovani dell'Opus Dei, lasciò Madrid e fuggì attraverso i Pirenei.
Fu un viaggio molto duro, segnato dalla paura e dalle difficoltà, ma anche da una speciale carezza della Madonna.
Giunto a Burgos, Josemaría poté nuovamente svolgere il suo lavoro sacerdotale. Da lì inviò lettere ai giovani dell'Opus Dei che si trovavano in diverse parti del Paese (alcuni anche sui fronti di battaglia) e completò lo scritto che sarebbe stato pubblicato poco dopo come “Cammino”.